公安机关不应当撤销案件的情况主要包括以下几种：
经过侦查，短期内无法查清案件事实。这种情况意味着案件仍然需要进一步调查，以获取更多的证据和信息，因此公安机关不应直接撤销案件。
除此之外，根据《公安机关办理刑事案件程序规定》和《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，公安机关在发现没有犯罪事实、情节显著轻微危害不大不认为是犯罪、犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚、犯罪嫌疑人死亡或其他依法不追究刑事责任的情况下，应当撤销案件。这些规定旨在确保刑事案件的公正、公平和合法性，保护公民的合法权益。
需要注意的是，公安机关在决定是否撤销案件时，应综合考虑案件的具体情况和法律规定，确保决定的合法性和合理性。同时，对于涉及重大犯罪或社会影响较大的案件，公安机关在撤销案件前，可能需要向上级公安机关或相关部门进行报告和审批。
总之，公安机关在办理刑事案件时，应严格遵守法律规定和程序，确保案件的公正处理。对于不应撤销的案件，公安机关应继续进行调查和侦查工作，以维护社会的公正和公平。
